本发明公开了PCV3抗原表位的多肽序列筛选方法，包括五条多其氨基酸序列分别为PCV3-1：GTPQNNKPWH；PCV3-2：SPAQQTKTMF；PCV3-3：WLQDDPYAESSTRKV；PCV3-4：MTSKKKHSRY；PCV3-5：VPEKTGMTDFYGTKE。本发明采用ELISA的方法检测PCV2与PCV3的抗血清IgG，通过ELISA的方法，筛选出与PCV3抗体特异性结合的短肽。筛选出的短肽，可以为将来PCV3的亚单位疫苗及相关诊断圆环病毒3感染的试剂，治疗圆环病毒3感染的抗体等提供可靠依据。本发明的优点在于，筛选出的五条多肽抗原性良好，抗原表位经鉴定为PCV3所特有，且序列保守，应用其表位序列可以有效的鉴别诊断动物是否感染PCV3，为以后防治PCV3提供有效的检测手段。