本发明属于生物技术领域，涉及与辣椒雄性不育恢复基因紧密连锁的分子标记、特异性引物及其应用。本发明提供的分子标记，操作简单易行，重复性好，检测结果稳定可靠，周年均可进行，且为共显性分子标记，实现了在苗期对辣椒材料是否含有细胞质雄性不育恢复基因的鉴定，通过利用ABI3130XL遗传分析仪及其配套软件进行高通量电泳分析和基因型鉴定，或者进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，可以批量完成大样本分离群体的育性鉴定及其中是否含有雄性不育恢复基因的检测，提高育种效率，加速育种进程，在辣椒三系杂交制种和恢复系分子标记辅助选择育种上具有重要意义。