本发明公开了一种微生物合成钟乳石及石笋的方法和装置，利用好氧性微生物水解尿素与钙盐的结合过程包括微生物富集培养、微生物水解尿素诱导碳酸钙产生沉淀两部分合成实心结构的钟乳石及石笋。本发明提供的一种微生物合成钟乳石及石笋的方法和装置，利用好氧性微生物水解尿素与钙盐的结合过程合成所需钟乳石及石笋，不会对环境造成污染，采用人为干涉微生物反应过程合成人工钟乳石及石笋产生碳酸钙的速率，相对于现有技术中直接采用化学方法人工合成，具有更好的可控性，合成的人工钟乳石及石笋可通过对微生物反应活性、反应物用量等的控制来影响碳酸钙沉淀的晶体形态及合成的人工钟乳石及石笋的大小。