本发明公开了一种降解秸秆的复合菌剂及其制备方法、降解秸秆的方法，利用长形赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus macroides)和杰米拉类芽孢杆菌(Paenibacillus barcinonensis)混合培养，即得降解秸秆的复合菌剂，能够产生较高活力的果胶酶、纤维素酶、锰过氧化物酶和木质素过氧化物酶等，酶系成分较多，相互协调，共同作用于稻秆，降解稻秆果胶质、纤维素、半纤维素、木质素等成分，实现稻秆快速充分降解。