本发明公开了一种盒豆腐灌装系统及其方法，包括豆腐盒传送带，传送带上顺序设置有豆腐盒放置槽，沿豆腐盒传送带前后顺序设置有向豆腐盒内灌入豆浆的一次灌浆段、补浆段和封口段，传送带载着豆腐盒连续匀速经过一次灌浆段、补浆段和封口段，其中，补浆段的补浆嘴通过一个补浆控制装置控制补浆嘴的开启与关闭。本发明通过在生产线豆腐盒两侧设置激光液位传感器，做到无接触液位测定的补浆，克服了交叉污染的问题，提高了液位传感器的测量精度，灌浆不是一次灌到位，而是采用二次补浆的方式，在保证满盒的同时避免了豆浆溢出盒外。