本发明的燃料电池搭载车辆系统是在连接燃料电池并且针对车辆用蓄电池进行电力的输入和输出的电力供给线路上连接外部电源来对车辆用蓄电池充电之前进行电力供给线路的绝缘检查的燃料电池搭载车辆系统。具备：绝缘检查部，其进行电力供给线路的绝缘检查；开关，其进行燃料电池与电力供给线路之间的连接和切断；以及控制部，其能够进行车辆用蓄电池与电力供给线路的连接和切断的控制及开关的控制。控制部在将车辆用蓄电池从电力供给线路切断且控制开关来将燃料电池从电力供给线路切断之后驱动绝缘检查部。