本发明属于微生物筛选的技术领域，并公开了一种重金属抗性微生物的筛选方法。该方法包括：(a)采集被重金属污染的原位土壤将其分为两份，其中一份预处理后获得原位土壤的浸提液，在该浸提液中添加三羧酸循环底物，并维持添加前后的pH值不变，以此获得培养基基液，将该培养基基液分为两部分，一部分经高压蒸汽灭菌后作为液体培养基，另外一部分作为固体培养基；(b)采用稀释涂布平板法将另外一份原位土壤中的微生物分离获得多个单菌落，从中挑选出所需的菌落并接种到液体培养基中培养，然后保存。通过本发明，获取更多常规方法无法筛选的微生物。