本发明公开了一种北斗卫星频间钟差偏差估计与建模方法，包括如下步骤：针对北斗三频载波观测数据，采用无几何无电离层组合观测模型，解出每个历元中包含模糊度参数的IFCB；在没有发生周跳的观测弧段，对相邻历元的IFCB值作差，得到IFCB历元间差值；选择合适的定权模型，对全球分布的北斗三频MGEX观测站的IFCB的历元间差值进行加权平均，得到连续的不间断的IFCB历元间差值；确定参考历元，获得基于参考历元的IFCB序列；采用高阶谐波函数对北斗卫星的IFCB分别进行建模，计算得到IFCB模型参数，其模型效果以及预测效果均优于采用前一周期IFCB值代替当前周期IFCB值的方法。本发明能够实现北斗卫星IFCB的快速准确估计，建立稳定的IFCB模型，提升北斗三频PPP的定位精度和收敛时间。