本发明属于水产养殖领域中的水产动物种质鉴定领域，公开了用于中华鲟与达氏鲟种间鉴定的微卫星引物及应用，本发明成功筛选并合成1对荧光标记微卫星引物，该引物可以用于建立中华鲟和达氏鲟种间鉴定技术。将引物用于PCR扩增后，测定等位基因，进行中华鲟和达氏鲟的种间鉴定分析。本发明所述鉴别方法操作简单、快捷、费用低廉，具有高效、经济、简便易行的特点，可以在中华鲟和达氏鲟种间鉴定、种质鉴定和遗传管理中推广应用，并可对人工增殖放流效果进行评估。