本发明涉及隧道排水技术，旨在提供一种处置隧道底板渗水病害的纵向排水系统及方法。在隧道渗漏水区域的边沟中钻造竖向集水孔，在沿隧道纵坡方向的下游钻造竖向储水孔，保证两者底部具有相同高程；集水孔上部布置具有透水性能的透水管，底部布置不透水的集水管；储水孔中布置不透水的储水管，虹吸排水管的两端分别伸入至集水管与储水管的底部；储水管上部侧壁设置溢流口，且通过管路接至隧道边沟。本发明通过虹吸排水作用并利用隧道纵向高差，可实现自动、实时、持续地排出渗漏区域地下水，控制地下水水位抬升，防止底板渗漏问题；具有设计布置灵活，施工维修快速方便，对隧道底板及路面无破坏，不影响隧道正常通车的优点。