本发明公开了一种科学数据存储关联方法，将科学数据通过建立一套元数据描述方案，根据元数据描述查找可以合并的科学数据，将科学数据进行合并后重新调整元数据和科学数据实体进行相应合并减少跨表查询，并将元数据按照一定规则存储在Neo4j中，表达出科学数据之间的关联。科学数据实体则存储在MongoDB用以支持复杂逻辑计算。本发明通过建立一套元数据描述对科学数据进行有效描述，并将元数据存储在Neo4j中，表达出科学数据之间的关联，减少存储空间。解决了现有技术中需要大量存储空间存储RDF数据，以及目前存在的查询性能差、速度较慢、以及无法进行复杂分析运算的问题。