本发明属于石斛鉴定防伪领域，具体涉及一种用于石斛的物联网鉴别溯源系统及鉴别溯源方法，包括云端、DNA芯片、鉴定装置、追溯标签、DNA检索终端、追溯检索终端石斛DNA物联网防伪系统采用的DNA芯片和追溯标签，具备生物检测实验能力的可以通过DNA芯片进行快速检测，并通过DNA大数据分析鉴别真假，进行防伪。不具备生物检测实验能力的可以通过追溯标签进行追溯，查看石斛生产、加工、储存、交易、物流、终端和检测的信息，云端可分析是否存在异常并将分析结果发给查询者。通过大数据使追溯标签查询到的数据随着时间和空间而变化，即便复制出相同的追溯标签，异常的查询情况也会被系统发现。实现有效地控制了造假者的复制，形成更好地防伪手段。