本发明公开了一种梯级库区航道通过能力的识别优化方法，涉及水库运行调度及水利信息领域。所述方法包括：随机生成梯级库区各级水库下泄流量组成的向量Q，并将其作为决定变量；限定约束条件，并依据通航能力判别表和目标函数(1)采用经典差分优化法与历史值对比，判断是否达到最大迭代次数，若没有达到最大迭代次数，则选择决策变量个体进行差分变异、交叉、选择操作，然后重复上述步骤；若达到，则获得并给出与最优决策变量相对应的梯级库区航道最大通过能力和最优水流参数，完成识别优化。本发明能够充分发挥梯级库区航道的通航能力，且能同时满足防洪安全和电站发电要求，具有一定的工程实用性。