本发明实施例提供一种用于搅拌摩擦焊的控制系统、控制方法及搅拌摩擦焊系统，属于焊接技术领域。所述用于搅拌摩擦焊的控制系统包括：距离检测装置，安装在搅拌摩擦焊具走刀方向的前方，用于检测所述距离检测装置与工件平面之间的距离；以及控制装置，用于根据检测的所述距离检测装置与工件平面之间的距离，调整轴肩的高度。通过本申请提供的技术方案，可以自动加工不平整工件、曲面工件以及薄板等，并且焊缝质量高，还能提高加工效率。相较于现有的加工设备来说，采用本发明的技术方案，可以大大减轻设备重量和体积，降低成本。