本发明提供了一种有机硅树脂改性的环氧树脂基中子屏蔽材料及制备与应用，所述材料由如下重量份配比的原料配方制备而成：环氧树脂20‑100重量份；有机硅树脂改性的环氧树脂10‑20重量份；室温固化剂10‑100重量份；增韧剂5‑40重量份；稀释剂5‑20重量份；硅烷偶联剂包覆改性的防辐射助剂5‑50重量份；硅烷偶联剂包覆改性的阻燃功能助剂20‑100重量份。本发明所提供的有机硅改性的环氧树脂基中子屏蔽材料具有优异的中子屏蔽性能、力学性能、热老化性能、耐温性能及韧性，其制备方法简单可靠，且由于采用室温固化剂可通过室温浇注制备异形件。