本发明多通道纳米孔道‑膜检测系统，采用纳米尺寸的孔道，含有样品检测模块和主控模块：样品检测模块含有样品检测池、成膜通道单元、孔道注入通道单元、进样通道单元、换液通道单元和第一、第二电极，其中：样品检测池含有第一、第二池体单元、薄膜和绝缘上盖；成膜通道单元含有提拉通道和磷脂注入通道；孔道注入通道单元含有孔道注入通道；进样通道单元含有进样通道；换液通道单元含有第一和第二换药通道；主控模块含有电压控制模块、数据采集模块、信息处理模块、流体操作模块、用户操作模块、电源模块和数据显示模块；能实现不同的操作组合，对不同的检测对象实现自动化、高效、快速的超灵敏检测分析。