本发明公开了苹果果实酸度的一个InDel标记及在分子辅助选择中的应用。本发明首先保护一种分子标记，为如下(a1)或(a2)：(a1)序列表的序列1所示的DNA分子；(a2)来源于苹果的与序列表的序列1的同源性大于95％、98％或99％的DNA分子。本发明还保护分子标记在预测苹果的酸含量性状中的应用。本发明还保护一种预测苹果的酸含量性状的方法，包括如下步骤：检测待测苹果基于分子标记的基因型，SPI36SPI36基因型苹果的酸含量>SPI36SP基因型苹果的酸含量>SPSP基因型苹果的酸含量。鉴于苹果的童期长、遗传背景复杂等特点，本发明将会在很大程度上提高苹果育种的筛选效率，缩短育种年限。