本发明涉及食用菌生产设备技术领域，具体是一种食用菌袋料栽培系统及方法，包括发菌室、出菇室、链板输送机、出菇室链板输送机、单方位刺孔装置、多方位刺孔装置、第一称重装置、转运装置、第二称重装置和注水装置；所述链板输送机、单方位刺孔装置、多方位刺孔装置和第一称重装置设在发菌室内，所述链板输送机构成一输送闭环；所述出菇室链板输送机、第二称重装置和注水装置设在出菇室内，所述出菇室链板输送机构成一输送闭环；所述发菌室通过转运装置与出菇室连接。本发明能够提高香菇袋料栽培的自动化程度、降低人员劳动强度、提高生产效率、提高产量、避免杂菌污染或菌棒损坏。