本发明涉及一种集装箱检查系统、港口设施及集装箱检查方法，其中集装箱检查系统包括：岸桥(100)，包括第一起重部件(101)和具有多个工位的检查平台(103)，第一起重部件(101)用于将集装箱(300)吊运至多个工位中的至少一个上；和检查装置(200)，设置在检查平台(103)上，用于相对于多个工位中的每个工位上的集装箱运动，以分别对位于每个工位上的集装箱进行扫描检查。港口设施包括集装箱检查系统。本发明中集装箱检查系统的检查位置更加灵活，检查装置不局限于在某一个特定的工位上进行扫描检查，检查装置在完成对其中一个工位上集装箱的扫描检查后，可以在另一个工位对该工位上的集装箱进行扫描检查，有利于提高扫描检查效率。