本发明公开了一种双电池组自动切换供电系统，涉及电子信息技术领域，包含有单片机（1）、电池组一（2）、电池组二（3）、电压检测电路一（4）、电压检测电路二（5）、电池保护电路一（6）、电池保护电路二（7）、切换电路一（10）和切换电路二（11）。本发明将两组电池同时接入供电系统中，没有主次之分，完全对等供电，避免了两组电池并联连接出现的问题，对于两组电池各自设计电压检测电路、电量显示电路、控制电路和切换电路，与单片机连接，通过对比将电量较多的一组切换至供电状态，如此循环切换供电直至两组电池电量到达底线更换电池组，在确保两组电池能够均衡、稳定、长期供电的前提下，最大限度提高电池组的使用效率。