本发明公开了一种基于适配体修饰的中空介孔二氧化硅共载质粒的多功能纳米药物的制备及其应用。具体制备方法为：先选取生物相容性良好的中空介孔二氧化硅（HMSN,HM）为药物载体，首先对索拉非尼（Sorafenib,S）进行装载，通过非共价键方式在其表面包裹适配体anti-EpCAM功能化的PAMAM（P-aE），进一步通过静电力在PAMAM外吸附EGRF-sgRNA/Cas9（E）质粒，从而得到所述多功能纳米药物SE@HM/P-aE。该多功能纳米药物改善了索拉非尼的水溶性，提高了索拉非尼的生物利用度及基因治疗质粒的转染效率，进一步提高两者的协同抗肿瘤效果，为肿瘤治疗提供了新思路。