本发明提供一种从水解反应液中分离纯化草铵膦的方法。本发明提供的草铵膦的纯化方法，通过控制结晶除盐过程中的水分含量，分两次在不同水分条件下除盐，避免了一次除盐过程中过滤缓慢，盐中残留草铵膦含量高导致草铵膦收率偏低以及草铵膦产品纯度低的问题，通过本发明提供的草铵膦的纯化方法，可使最终盐中残留草铵膦的含量控制在0.2％以下，草铵膦的纯度达到98％以上，收率达到96％以上，且过滤时间缩短为原来的1/3，显著提高了纯化效率；且本发明工艺简单，无需特殊设备，通过醇简单结晶即可实现草铵膦的高效提纯，适合大规模工业生产。