本发明涉及一种自净化的燃料电池系统及自净化方法，属于新能源利用技术领域，具体用于燃料电池系统内部的自我净化。本发明包括阳极和阴极，阳极和阴极之间形成一个用于存放电解质的容纳空间，其结构特点在于：还包括电力负荷控制装置、超声波发生器、臭氧发生器、超声波传输管道、臭氧传输管道、燃料传输管道和空气传输管道，阳极和阴极均与电力负荷控制装置连接，超声波发生器通过超声波传输管道与阳极连接，臭氧发生器通过臭氧传输管道与阳极连接，燃料传输管道与阳极连接，空气传输管道与阴极连接。延长了燃料电池系统的生命周期，提高了系统运行效率。