本发明涉及基因检测技术领域，公开了一种生物芯片检测系统的检测方法，包括如下步骤：步骤S1：将PCR管提供至PCR反应装置，对PCR管内的样品进行扩增；步骤S2：将扩增后的样品提供至杂交装置，使得样品与杂交装置中的生物芯片进行杂交；步骤S3：将杂交后的生物芯片提供至识读装置，由识读装置检测而得到基因信息。相较于现有技术而言，本发明中的扩增、杂交以及识读步骤得以在生物芯片检测系统中集中进行，相关步骤所采用的设备占用空间减小，工作人员无需在大范围内转换位置进行不同步骤的执行，大大降低了工作人员的工作强度，从而有利于提高生物芯片的检测效率。