本发明公开了一种基于傅里叶变换的窃电检测方法，包括将时变谐波信号在待分析用户的入户表处注入电网；在用户电表和关口表处以第一采样频率采集电压信号和电流信号；采用高分辨率窗对电压和电流采样序列加权；对加权后的电压和电流采样序列进行短时傅里叶变换并分别计算各次谐波幅值和对应的相位；计算各用户电表的瞬时功率和关口总表的瞬时功率；进行初步窃电检测；以第二采样频率对关口总表处的电压信号进行采样并计算各间谐波的动态频率；对初步窃电检测结果进行二次确认得到最终的窃电检测结果。本发明方法计算过程简单，窃电行为判别及窃电用户定位准确，为电力系统反窃电检测提供了一条快速有效的途径。