本发明提供一种卫星授时方法、装置及存储介质，一种卫星授时方法包括：接收卫星信号，通过卫星信号得到GPS 1PPS信号和导航定位数据信息；计算GPS 1PPS信号和分频1PPS的相位差，根据相位差调整分频1PPS对应的相位，根据经调整相位的分频1PPS信号得到本地1PPS信号；根据卫星几何精度因子PDOP值选择授时模式或守时模式；判断本地1PPS信号的状态是否正常，以此来选择是否直接将本地1PPS信号作为授时模式的输出信号；本发明能够计算得到精准的本地1PPS信号，较好的减小信号输出误差，并通过卫星几何精度因子PDOP值来选择授时模式或守时模式，根据本地1PPS信号的状态来确定是否作为优选的信号输出，提高了授时的稳定性。