本发明公开了一种超大平面面积部分预应力混凝土沉井基础及其施工方法，包括下部的首节部分预应力混凝土沉井段和位于其上的接高部分预应力混凝土或普通钢筋混凝土沉井段，首节部分预应力混凝土沉井段（1）采用部分预应力混凝土结构，布置有预应力钢束的中部纵横向内隔墙形成部分预应力“十字”梁,该“十字梁”与同样布置预应力的井墙形成能有效抵御复杂的受力工况的部分预应力混凝土“梁格”，首节沉井下沉至指定位置，再接高后续各个标准节段并依次下沉至指定位置，直至完成终沉。本发明提高了采用“大锅底”开挖下沉中沉井结构安全性与抗开裂性能，特别适用于4000-10000m2的大型矩形、圆形、椭圆形、端圆形沉井基础。