本发明公开了主动补偿式柔性跟随液压系统、工作方法及隧洞清理机，包括主电磁阀、第一电磁阀、第三电磁阀、蓄能器、第一压力传感器、比例溢流阀、第二压力传感器及液控单向阀，第一压力传感器的信号输入端连接液控单向阀的工作油口N及比例溢流阀的工作油口I，第二压力传感器的信号输入端连接第三电磁阀的工作油口G，第一压力传感器的信号输出端与第二压力传感器的信号输出端均连接控制器。本发明液压缸在正常工作时，处于高压柔性状态。当油缸被动回缩时，多余液压油经比例溢流阀或缓冲阀流回油箱，瞬间压力的冲击由蓄能器进行吸收；当执行机构走过海生物后，油缸主动伸出，蓄能器瞬间释放压力，液压缸缸以足够的加速度伸出。