本发明公开了一种壳聚糖包埋亚油酸发酵醋及其制备方法，属于食品加工领域。该发酵醋由核桃粕、玉米、玉米糖浆、壳聚糖、甘蔗渣、纤维素水解酶、活性干酵母、耶氏解脂酵母、醋酸菌组成；本发明利用耶氏解脂酵母转化核桃粕产生亚油酸，壳聚糖和纤维素的降解物作为包埋壁材，玉米糖浆作为壁材填充剂，利用食醋发酵过程完成壳聚糖对亚油酸的包埋，达到吃醋的同时提升亚油酸摄入量，同时提高食醋氨基酸含量，可溶性纤维素含量，让食醋味道更加丰富，更加营养，让更多人喜爱食醋，促进我国食醋行业的发展。