本发明是一种蛋白质核酸适配体的筛选方法。该方法将蛋白质包埋在聚苯乙烯96孔板或其它吸附蛋白质的器皿的表面；加入胰蛋白酶或蛋白酶消化降解蛋白质，使蛋白质与寡核苷酸结合复合物脱离容器表面，通过加热灭活蛋白酶并释放ssDNA；与蛋白特异性接合的ssDNA被富集，筛选得到亲和力高的适配体。本发明筛选方法无需对筛选文库和PCR引物进行修饰，在节约成本的同时不会对靶标结构有任何改变，从而增加了筛选出的适配体的特异性；它可以使与蛋白特异性接合的ssDNA被富集，提高了筛选效率，筛选得到的适配体的亲和力高。用于以蛋白质为靶标的核酸适配体筛选。