通过Cas9-crRNA复合物的RNA指导的DNA裂解

    公开(公告)号:CN114410625B

    公开(公告)日:2024-06-25

    申请号:CN202111462778.0

    申请日:2013-03-20

    摘要: 嗜热链球菌CRISPR3/Cas系统的Cas9‑crRNA复合物的分离或体外组装及其用于DNA裂解的用途,所述DNA具有与crRNA互补的核苷酸序列和原型间隔子毗邻基序。使用RNA导向的DNA核酸内切酶在体外或体内对靶标DNA分子进行位点特异性修饰的方法,所述DNA核酸内切酶包含RNA序列及RuvC活性位点基序和HNH活性位点基序中至少一种;通过至少一个点突变使多肽中活性位点(RuvC或HNH)之一失活将Cas9多肽转化为双链DNA的切口酶裂解一条链的方法;在体内或体外组装活性多肽‑多核糖核苷酸复合物的方法;以及在体外对Cas9‑crRNA复合物的特异性进行重新编程的方法,该方法中使用了含有单一的重复序列‑间隔子‑重复序列单元的序列盒子。

    基于TDFPS算法针对纳米孔测序中条形码的设计方法

    公开(公告)号:CN118116462A

    公开(公告)日:2024-05-31

    申请号:CN202410242340.9

    申请日:2024-03-04

    申请人: 山东大学

    IPC分类号: G16B20/30 C12Q1/6811

    摘要: 本发明公开了一种基于TDFPS算法针对纳米孔测序中条形码的设计方法。本发明采用了利用DTW距离改进的最远点采样算法,以确保在设计条形码套件时最大化序列的差异性。这一特点在提高解复用精度方面具有显著优势,有效降低了条形码之间的重叠和“碰撞”,使得解复用过程更为可靠和精准。在另一方面,在算法中结合了一种基于GPU的加速机制来提高DTW距离的计算效率,这对于计算方法学的研究具有一定的意义。同时,TDFPS解决了纳米孔测序中条形码数目不足的问题,为提高纳米孔测序通量提供了新的可能性,降低了大型实验的成本。本发明能够显著提高实验效率,并在解复用过程中取得更高的准确性。

    一种大批量开发薏苡基因组SNP分子标记的方法以及开发的引物和试剂盒

    公开(公告)号:CN116837072A

    公开(公告)日:2023-10-03

    申请号:CN202310579702.9

    申请日:2023-05-22

    发明人: 苗贵东 徐营

    摘要: 本发明公开了一种大批量开发薏苡基因组SNP分子标记的方法以及开发的引物和试剂盒。包括以下步骤:(1)构建薏苡转录组文库;(2)基于已有的薏苡转录文库选取含有潜在SNP标记的序列,然后再将其与步骤(1)构建得到的薏苡转录组文库进行对比,筛选得到目标序列;(3)基于目标序列中潜在的SNP位点设计引物;(4)采用步骤(3)设计得到的引物对不同的待开发样品进行PCR扩增即可。本发明首次发掘出与薏苡基因关联的SNP分子标记,分子标记将与功能基因紧密连锁,为后续标记辅助育种研究奠定基础。同时,将利用发掘的多态分子标记进行晴隆糯薏苡遗传多样性评价,为薏苡种质资源评价提供遗传学依据。

    黄缨菊微卫星分子标记、特异性引物及制备方法和应用

    公开(公告)号:CN116555480A

    公开(公告)日:2023-08-08

    申请号:CN202310754584.0

    申请日:2023-06-26

    摘要: 本申请适用于生物学技术领域,提供了黄缨菊微卫星分子标记、特异性引物及制备方法和应用。本申请通过利用限制性酶切位点相关的DNA基因组扫描技术开发出黄缨菊微卫星分子标记并获得相应的引物,建立了一种制备黄缨菊微卫星分子标记的方法,为进行黄缨菊种质资源鉴定、遗传多样性分析、植物遗传图谱的构建、种群遗传结构分析、基因定位、数量性状基因的分析、进化与亲缘关系等方面的研究提供分子标记,为开展黄缨菊种质资源遗传多样性、种群结构、种群历史动态等遗传学研究奠定了基础,有利于黄缨菊资源的合理开发。