本发明公开了一种基于双超图正则化的肿瘤基因表达谱数据双聚类方法，通过对肿瘤基因表达谱数据的样本和基因分别进行聚类；然后，对肿瘤基因表达谱数据的样本和基因分别建立样本超图和基因超图，来获取样本和基因的固有几何结构；最后，将样本超图和基因超图分别作为主成分分析的样本超图正则项和基因超图正则项，确定优化目标函数，最后通过优化目标函数分别优化样本聚类矩阵和基因聚类矩阵，得到最终的样本聚类和基因聚类。本发明在基于主成分分析法的基础上，通过双超图正则化进行双聚类的优化，从而在保留主成分分析法的优点基础上更好的获取肿瘤基因表达谱数据中的复杂信息，最终提高获得聚类的精确性。