本发明提供了基于能源路由器的离网海岛多微网协调运行控制方法，包括如下步骤：根据海岛能源综合利用中多微电网系统对电力能源路由器的需求特点，综合考虑新能源接入、负荷需求及电能质量目标的因素，建立电力能源路由器的配置规则；结合多微电网系统的协调控制、运行模式及潮流分配控制需求，确定电力能源路由器的协调控制方式，实现多端口多电压等级的电力能源路由器在离网型海岛能源综合利用中的应用；考虑调度指令及微电网故障情况，实现电力能源路由器的多微电网并离网模式切换。本发明重点解决离网海岛多类型分布式发电与储能、负荷的容量配置难题，利用能量路由器实现海岛多微电网的潮流互联。