本发明公开了一种改进的连续流双污泥反硝化污水深度脱氮除磷方法及装置。该装置主要由反硝化除磷污泥系统和硝化污泥系统组成。反硝化除磷污泥系统富集反硝化聚磷菌，完成氮磷的同步去除，由厌氧池、缺氧池、短时后置曝气池和第一沉淀池组成。硝化污泥系统完成氨氮的硝化反应，由生物接触氧化池和第二沉淀池组成。短时后置曝气池的主要功能是实现反硝化除磷污泥的活化和氮气吹脱。生物接触氧化池内装有组合填料，有利于硝化细菌的附着生长。两个功能区有各自的污泥回流系统，解决了反硝化除磷菌和硝化细菌之间泥龄矛盾，污水中碳源可全部为反硝化除磷系统利用。本发明具有节约碳源和曝气量、污泥产量低等优点，适用于生活污水处理的长期连续运行。