本发明公开了一种菊糖酶酶解菊粉生产低聚果糖的方法，涉及低聚果糖的制备领域，包括先将菊粉倒入搅拌器中，加入去离子水，混合均匀后，均匀升温并保温，再进行超声处理，调节混合液的pH后离心振荡，得菊粉混合溶液；将所得菊粉混合溶液中加入菊糖酶，充分进行混合均匀，均匀升温至30-40℃，保温15-20min，并一同加入生物反应器中进行酶解反应，控制酶解温度为50-60℃，并保温3.5-4.5h进行酶解，菊粉混合溶液经菊糖酶酶解菊粉产生低聚果糖浆；采用本发明生产的低聚果糖浆的方法，生产的低聚果糖纯度大于96.5％的，工艺简单易掌握和操作，在生产低聚果糖上具有广泛应用前景。