本发明涉及一种秸秆菌肥化的快速还田方法。步骤是将棘孢木霉(Trichoderma asperellum)菌株T-A158的孢子水溶液接入含有发酵培养基的液态菌种发酵罐中发酵7-10d得棘孢木霉发酵液；将硫酸亚铁、钼酸铵与棘孢木霉发酵液混合制备成棘孢木霉秸秆腐熟溶液；将含孢子1×107孢子/mL的棘孢木霉秸秆腐熟溶液喷于秸秆与腐殖酸之上；用量为每亩30-40L，喷洒水并在最上面均匀铺一层秸秆，厚度为7-12cm，使最终的含水率为40-46%；盖上地膜，常温下发酵7-20天；然后将土地直接进行翻耕，既可进行耕种。本发明能够有效减轻大棚内病虫害的发生，增加大棚土壤肥力，既解决了秸秆无处安放和秸秆还田存在的弊端的问题，减少了化肥使用量的同时增加农作物的产量，改良作物品质，改善土壤环境。