本发明公开了一种基于互信息的低压配电网用户拓扑估计方法及系统，其中，所述方法包括：步骤S1，获取用户电压时间序列数据和变压器电压时间序列数据；步骤S2，根据用户电压时间序列数据和变压器电压时间序列数据计算用户电压之间的互信息以及用户与变压器之间的互信息；步骤S3，根据用户与变压器之间的互信息依靠K均值聚类算法进行用户相位识别；步骤S4，构建拓扑模型；步骤S5，针对相位识别后的用户利用最小生成树算法根据用户电压之间的互信息的大小完成拓扑估计。与现有技术相比，本发明不依赖已知拓扑，无需额外载波，不受配电台区负载影响，没有现场测试接线问题，不存在安全隐患，提高拓扑估计的速率。