本发明涉及一种交叉组合认证系统及其认证方法，包括用户基本信息管理模块，用于管理用户的各项身份信息及生物特征信息；用户活动管理模块，用于管理用户的各项活动信息，包括用户行为属性信息及用户行为习惯信息；用户认证信息感知模块，用于获取用户的各项认证信息；用户智能认证模块，用于获取用户信息及用户当前状态，通过综合因素分析，提供多因素认证判定机制，采用交叉组合认证决策实现用户身份的认证；统计分析模块，用于监测和统计用户的认证情况，并将统计分析结果反馈到用户智能认证模块中。本发明采用多种身份认证方式进行联合身份认证，克服单一身份认证方法在某些应用中认证结果的不可靠性或不方便性问题，满足多样化的业务应用需。