一种筛查谷氨酸棒杆菌中蛋白相互作用的方法。所述方法包括：(1)利用基因工程技术将谷氨酸棒杆菌中目的基因克隆到原核表达载体(2)构建蛋白表达菌株并进行目的蛋白的大量表达(3)谷氨酸棒杆菌胞内蛋白的提取(4)对目的蛋白进行纯化并进行His-Pull Down实验捕获相互作用蛋白(5)对His-Pull Down后的蛋白进行还原烷基化和胶内酶解，并通过液相色谱质谱联用仪鉴定获取的目的基因互作蛋白。本发明对理解谷氨酸棒杆菌代谢过程中蛋白的相互作用具有重要的意义，进一步基于关键蛋白之间的相互配合关系，相应地进行协调代谢工程改造以及其他方面的运用，因而具有重要的应用价值。