本发明提供一种用于水下密度采集设备的数据处理系统，与上位设备和水下密度采集设备连接，处理水下密度采集设备采集的密度信号，发送给上位设备。包含信号转换模块，与水下密度采集设备连接，将密度信号转换为通讯信号；数据处理模块，与信号转换模块连接，将通讯信号编码，生成第一编码信号；数据收发模块，与数据处理模块和上位设备连接，接收上位设备的指令，发送给数据处理模块，并将第一编码信号按指定协议编码，生成第二编码信号发送给上位设备；变压整流模块，为系统提供电源；防水外壳，用于放置各模块，使本系统具有水下工作的能力。本发明还包含所述系统的数据处理方法。本发明设计简单，性能稳定，使用方便，具有很好的推广价值。