一种对多个样品的基于图像的分析方法，包括：使用样品保持器(100)，其具有多个感兴趣位置(16、18)和多个焦点结构(12)，所述多个焦点结构(12)中的每一者与所述多个感兴趣位置(16、18)中的一者或多者相关联，其中所述多个样品分散在所述多个感兴趣位置(16、18)上；获得所述多个感兴趣位置(16、18)的图像区域，从而获得用于对所述多个样品的分析的多个数字图像区域，其中每个所述图像区域包括感兴趣位置(16、18)中的至少一者和焦点结构(12)中的至少一者；使用图像处理算法来分析每个所述数字图像区域并检查焦点结构(12)是否指示该图像区域处于清晰焦点；以及如果图像处理算法指示有任何数字图像区域失焦，则提供指示和/或采取补救措施。