本发明属于植物病害防治应用领域。具体而言，本发明涉及一种壳寡糖锌螯合物及其制备方法和应用。本发明以壳寡糖与氧化锌为原料，并添加适量有机酸获得壳寡糖锌螯合物。壳寡糖与氧化锌的质量比为10:1～5:1；壳寡糖的平均分子量为1000～3500Da，脱乙酰度≥85％。本发明壳寡糖锌螯合物外观为浅黄色至酒红色的澄清液体，无刺激性气味，pH值为4.0～6.0。本发明所述的壳寡糖锌螯合物在其有效浓度下，对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌以及水稻纹枯致病菌、苹果腐烂致病菌和棉花枯萎致病菌等多种病原微生物具有良好的抑菌、杀菌效果，对植物病毒病具有很好的预防和治疗效果，同时对植物生长具有显著的促进作用。