本发明公开了一种冷链物流管道运输柔性集装器，其特征在于：冷链柔性集装器运行于冷链传输管道中，所述冷链传输管道配置为所述冷链柔性集装器的引导通道；所述冷链柔性集装器内设冷链货仓，该冷链货仓内装载冷链货物；所述冷链柔性集装器包括：储货箱、封盖部件、支撑行走部件、互连装置兼缓冲防撞装置；所述储货箱，其部分配置有柔性箱(5)，该柔性箱(5)的箱体由弹性材料制成；所述封盖部件，其配置有冷链货物柔性固定装置；所述支撑行走部件，其配置有柔性自适应装置。本发明通过这四大柔性构件的独特构造，既能够适应不同管道路径又能够固定货物，以增加运输的安全可靠性。