本发明公开了一种固定翼无人机舰船主动快速回收系统与方法，该系统包括：无人机回收指挥控制工作站、观瞄发射装置和柔性机械捕捉装置；所述无人机回收指挥控制工作站，包括无人机回收指挥工作台和无人机回收操作工作台；无人机回收操作工作台用于生成回收进场航线，生成自动控制信号；所述观瞄发射装置，包括高压氮气装置、无人机捕捉网发射装置、双镜3D相机和电控瞄准云台；所述柔性机械捕捉装置，包括无人机捕捉网及吊线、卷扬电涡轮机构、吊杆滑轮机构和电控水平俯仰转台。使用本发明回收固定翼无人机，作业全流程占用直升机起降平台面积小、时间短，作业自动化程度高、人力需求少，回收成功率高、无人机复飞率低。