本发明公开了一种利用辐照辅助微波热酸水解同时制备低分子量壳聚糖及D-氨基葡萄糖硫酸盐的方法，属于保健食品加工技术领域。该方法是将壳聚糖溶解于醋酸溶液中得壳聚糖溶液，向所得壳聚糖溶液中加入H2O2；然后进行辐照处理，辐照处理后与稀硫酸混合均匀后在微波条件下进行微波热酸水解；然后浓缩除去水分，将浓缩物用无水乙醇进行醇沉过夜，过滤后冷冻干燥至恒重。本发明方法浓硫酸使用量少，反应条件温和，环境污染小，生产设备要求低，绿色安全，适用于制备低分子量壳聚糖及D-氨基葡萄糖硫酸盐。