本发明公开了一种梯级水电站水库生态调度智能优化方法及系统，属于水资源高效利用与水电系统优化调度技术领域，该方法包括：建立以生态缺水量最小为目标函数、考虑复杂约束集合的梯级水电站水库调度模型；采用知识规则动态生成初始调度过程，在其邻域内通过随机扰动来生成初始种群；将所有个体依次修正至可行搜索空间，采用惩罚函数法计算个体适应度值，动态更新各个体位置与速度，采用自适应变异策略实施邻域搜索；重复上述搜索过程直至满足终止条件。本发明具有原理清晰简单、收敛速度快等优点，所得结果合理可行，能够为水能资源的合理配置提供强有力的技术支撑。