本发明公开了一种采用肽分子量选择技术制备饮品或小分子肽粉的工艺，包括以下步骤：(1)将螺旋藻藻泥进行冰冻处理并制备成藻冰；(2)加入有机萃取溶剂，经破壁萃取获得水相层a；(3)添加水，加热搅拌提取，经离心，获得藻渣浓浆；(4)加水重新悬浮并加入酶进行酶解，得到粗小分子肽液a；(4)经由粗孔径的中空型掃流式滤膜，得到澄清的小分子肽液b；(5)采用细孔径的中空型掃流式滤膜将水排出，得到浓缩澄清的小分子肽液c；(6)经过灭菌后，得到小分子肽粉饮品；或经喷雾干燥，制得小分子肽粉。本发明可得到规格不同的小分子肽，得到不同的产品功效，此外可减少梅纳氏反应的发生，改善产品品质，降低30％左右的生产成本。