一种晶圆清洗装置及其工作方法，其中，晶圆清洗装置包括：腔室；与腔室连通的装载部，所述装载部用于承载盒体，所述盒体内装载有晶圆；位于所述腔室内的第一转移装置，用于自装载部将盒体转移至所述腔室内；位于所述腔室内的第一清洗腔，用于承载通过第一转移装置移入的盒体，并对所述盒体进行清洗；位于所述腔室内的第二转移装置，用于自装载部将晶圆转移至所述腔室内；位于所述腔室内的第二清洗腔，用于承载通过第二转移装置移入的晶圆，并对晶圆进行清洗。利用所述晶圆清洗装置能够提高晶圆的洁净度。