本发明涉及一种多能互补系统中储能状态均衡控制方法及系统。各储能单元通过稀疏网络连接，而各储能单元的分布式控制器模块采集本地控制模块的荷电状态，并与相邻的被控储能单元进行交互荷电状态信息，采用离散一致性算法实现储能单元荷电状态一致值，进而通过均衡控制模块和本地控制模块调解各储能单元的输出功率，按其容量比例输出有功功率，实现多能互补微网储能状态均衡控制。本发明能够提高多能互补微电网储能单元的荷电状态均衡、功率分配精度，降低有功损失，以及提高储能单元的使用寿命。