本发明涉及一种百子莲赤霉素负调控因子ApGAI蛋白及编码基因，属于生物工程技术领域，该ApGAI蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示，编码基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1的第1～1224位所示。通过基因工程提高百子莲植株中ApGAI蛋白的编码基因的表达量，可获得矮化的百子莲植株，提高了百子莲的观赏价值及经济价值。本发明首次克隆百子莲赤霉素生物信号转导复合体中的关键负调控蛋白百子莲ApGAI的编码序列，并采用荧光实时定量PCR的方法分析ApGAI基因的表达模式，为今后利用基因工程技术调控ApGAI基因的时空表达，从而改变株高、创造高观赏价值的株型提供了理论依据。